Die Geschichte der Jenaischen Burschenschaft Germania ist eng mit Entwicklungen der deutschen Geschichte des 19. und 20. Jahrhunderts verbunden und bedingte durch historische Ereignisse, an denen unsere Bundesbrüder beteiligt waren, sogar maßgebend die politische Entwicklung hin zur heutigen Bundesrepublik Deutschland.
Das Ende der napoleonischen Fremdherrschaft auf deutschem Gebiet stellt den Anfang der burschenschaftlichen Geschichte dar. Es bot sich zum ersten Mal eine echte Chance, einen Deutschen Einheitsstaat mit demokratischen Strukturen zu schaffen. Diese, vor allem in studentischen Kreisen geregte Hoffnung sollte jedoch durch die Entscheidung des Wiener Kongresses für einen Deutschen (Staaten-) Bund jäh zerstört werden. Aus der Enttäuschung wuchs allerdings schnell die Idee, dass nur das gemeinsame Eintreten für den Nationalstaat sinnvoll sei.
Am 12. Juni 1815 schlossen sich in Jena die bis dahin existierenden landsmannschaftlich geprägten Verbindungen vor dem Gasthof "Grüne Tanne" zu einer Burschenschaft zusammen. Heute wird diese Burschenschaft als Urburschenschaft bezeichnet, da es die erste Gründung einer Burschenschaft in Deutschland war. Alsbald folgten aber auch Gründungen in Würzburg, Halle, Leipzig und Göttingen. Als Wahlspruch wählte sich die junge Burschenschaft die Losung "Ehre-Freiheit-Vaterland". Als äußeres Zeichen wählte man die Farben Schwarz-Rot-Gold in Anlehnung an die Uniformfarben der studentischen Freicorps, die in den Befreiungskriegen gegen die napoleonischen Truppen gekämpft hatten. Somit stellt der 12. Juni 1815 nicht nur die Geburtsstunde eines der größten akademischen Verbände dar, sondern auch die Geburtsstunde der deutschen Nationalfarben.
In Eisenach kam es 1817 zum ersten großen Burschenschaftertreffen Deutschlands, dem "Wartburgfest". Unter der Schwarz-Rot-Goldenen Fahne wurde der Wunsch nach einem demokratischen Einheitsstaat propagiert. Natürlich reagierte die Obrigkeit in den verschiedenen deutschen Staaten sehr erschreckt über diese politische Entwicklung, die hauptsächlich an den jeweiligen Landesuniversitäten ihr Zentrum hatte. In der Folgezeit waren Burschenschafter der Willkür und Verfolgung ausgesetzt. In den Zeiten der sog. Demagogenverfolgungen 1819 und 1830 musste sich die Jenaische Burschenschaft dem Druck beugen und konnte nur noch im Geheimen weiter bestehen.
In den 1840er Jahren kam es in Jena unter dem Einfluss des Progresses (u.a. Beseitigung des Duellzwangs für Studenten, Lockerung des Sittlichkeitsprinzips) zur Spaltung der Burschenschaft. Der germanistische Flügel war nicht bereit, diese Entwicklung mit zu tragen und konstituierte sich am 13. Dezember 1846 als Jenaische Burschenschaft Germania mit dem Wahlspruch "Leben und Streben dem Vaterland". Zum Bekenntnis an die urburschenschaftliche Tradition wählte man die alten Farben Schwarz-Rot-Gold, unterlegte sie aber mit einem weißen Grund.