Als ältester Beleg Jenas gilt die Erwähnung einer Siedlung „Jani“ um 830/850. Spätestens ab 1182 ist zweifelsfrei ein Dorf „Jene“ am heutigen Stadtzentrum belegt, dass um 1230 zur Stadt erhoben wird und ab dem 13. Jahrhundert eine Stadtbefestigung hat. Politisch bedeutsam ist das Saaletal um Jena zu dieser Zeit als Schauplatz von Gebietsstreitigkeiten zwischen Ludowingern, Wettinern, dem Erzbistum Mainz und auch den Stauferkaisern. Wirtschaftlichen Wohlstand erlangt die Stadt im Mittelalter vor allem durch Weinanbau und Weinhandel. Die Reformation fasst in Jena ab 1523 Fuß, mehrfach predigt Luther in der Stadtkirche. Als 1548 Johann Friedrich der Großmütige die Stadt Wittenberg und damit auch seine einzige Universität verloren hat, wird im leerstehenden Dominikanerkloster eine Hohe Schule zur Ausbildung von Theologen und Juristen eingerichtet, die dann 1558 zur Universität erhoben wird und seither die Stadt prägt. In der ersten Blütezeit der Universität lehren hier Johann Gottlieb Fichte, Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Friedrich Wilhelm Schelling, Friedrich von Schlegel und Friedrich Schiller. Johann Wolfgang von Goethe ist als Geheimrat für die Förderung der Universität zuständig und lässt unter anderem eine Sternwarte und den Botanischen Garten einrichten. 1806 findet westlich der Stadt, sowie in Auerstedt bei Naumburg die Doppelschlacht der preußisch-sächsischen Truppen gegen Napoleon statt. 1846 gründet Carl Zeiß seine optische Werkstatt, die durch Ernst Abbe ab den 1880er Jahren zum Weltkonzern aufsteigt. 1874/76 erhält Jena Eisenbahnanschluss. Zwischen 1880 und 1900 kann die Stadt ihre Einwohnerzahl auf 20.000 verdoppeln, 1925 sind es schon 50.000. Nach 1933 gerät die Universität stärker unter ideologischen Einfluss als andere Universitäten. Im Februar und März 1945 werden weite Teile der Innenstadt durch Luftangriffe zerstört. Jena wird vom 13. April bis zum 1. Juli 1945 von US-Truppen besetzt, bevor es Teil der sowjetischen Besatzungszone wird. Teile des Zeiss-Werkes werde demontiert, die Firma in einen west- und ostdeutschen Teil gespalten. Am 17. Juni 1953 ist auch Jena Schauplatz des Aufstandes. Die Stadt wird ab den 1960 Jahren Zentrum der feinmechanisch-Optischen Industrie des Ostblocks und zählt ab 1975 100.000 Einwohner als in Lobeda und Winzerla große Neubauviertel entstehen. Auch nach 1990 kann sich die Stadt als Standort optischer Industrie behaupten, während die Zahl der Studenten seit den 1980er Jahren von ca. 5000 auf heute ca. 17.000 gewachsen ist, sodass Jena heute als eine der wachstumsstärksten Städte der Metropolregion Mitteldeutschland zählt.